Berdasarkan Peraturan Kejaksaan RI Nomor 1 Tahun 2021 tanggal 23 April 2021 tentang Perubahan Kedua atas Peraturan Jaksa Agung Nomor PER-006/A/JA/07/2017 tentang Organisasi dan Tata Kerja Kejaksaan Republik Indonesia bahwa Kejaksaan Negeri Kabupaten Kupang adalah Kejaksaan di daerah yang berkedudukan di Oelamasi Kabupaten Kupang dengan daerah hukum meliputi wilayah 24 Kecamatan. Selanjutnya bahwa Kejaksaan Negeri Kabupaten Kupang dipimpin oleh Kepala Kejaksaan Negeri Kabupaten Kupang yang dalam melaksanakan tugasnya dibantu oleh Pejabat Esselon IV ( Kasi dan Kasubbagbin) dan dibantu oleh beberapa orang unsur pembantu pimpinan ( Eselon V ) serta unsur pelaksana / staf sebagaimana tergambar pada diagram tersebut.
